繼代表萬物復蘇的天空之神鳳王和孕育生命的海洋之神的洛奇亞之后，第三世代出現了直接代表天空，陸地，海洋的三只傳說神奇寶貝：烈空坐，固拉多和蓋歐卡。

固拉多和蓋歐卡的原型從樣貌來看，像是甲龍和虎鯨，分別代表陸地和海洋。烈空坐的原型是傳說中的生物飛龍，代表天空，也代表調和。相傳當陸地與海洋相互碰撞之時，碧綠色的光芒沖天而降，平息海洋與陸地的憤怒。當憤怒被平息，固拉多沉睡于火山之底，蓋歐卡沉睡于深海之淵。而烈空坐歇息于天空之柱。

神話的神奇寶貝是傳說中的神奇寶貝帝牙盧卡、帕路奇犽和騎拉帝納的統稱。傳說中它們由阿爾宙斯所創造，從渾沌的蛋中誕生。分別代表時間、空間以及反物質。 帝牙盧卡和帕路奇犽居住于時空的裂縫之中，而騎拉帝納則被驅逐于破格的世界之中。在電影版的神之戰三部曲中登場。在決戰時空の塔 帝牙盧卡VS帕路奇犽VS達克萊伊中說到，傳說時間與空間相遇時將會互相殘殺，世界將會崩壞，唯有播放時空戰歌-奧拉希翁才能阻止它們。

道之三龍

捷克羅姆、雷希拉姆和酋雷姆的統稱。動畫中，酋雷姆能自如運用捷克羅姆和雷希拉姆的能力，被稱為史上最強的龍系神奇寶貝。捷克羅姆將力量借給相信理想的人；雷希拉姆將力量借給相信真實的人。捷克羅姆在電影版比克提尼與黑英雄 捷克羅姆中登場；雷希拉姆在電影版比克提尼與白英雄 雷希拉姆中登場；酋雷姆在電影版酋雷姆VS圣劍士 凱路迪歐中登場。

蓋諾賽克特

曾經是生存在3億年前的遠古最強獵手，被電漿團復活后改造成為破壞工具，背后加裝了能響應卡帶的大炮。

哲爾尼亞斯

哲爾尼亞斯因為是生命神奇寶貝，在所經之處將會生出花草，因裴這樣，他與破壞神奇寶貝伊裴爾塔爾是對立關系。在破壞之繭與蒂安希中登場。

伊裴爾塔爾

傳說中，伊裴爾塔爾化為一個繭沉睡在隱秘的地方，如果沉睡之時有人喚醒它，那個人將會承受痛苦的代價，與哲爾尼亞斯是對立關系。在破壞之繭與蒂安希中登場。

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